Descemeta membrānas endotēlija keratoplastika: nākamās paaudzes sekvenēšanas metagenomiski optimizētu audu sagatavošana un ķirurģijas tehnika. Promocijas darba kopsavilkums

Translated title of the contribution: Descemet Membrane Endothelial Keratoplasty: NGS Metagenomics-Optimized Tissue Preparation and Surgical Technique. Summary of the Doctoral Thesis

Davide Borroni

Research output: Types of ThesisDoctoral Thesis

Abstract

Pētījumā tika analizēta optimizācija, pielietojot metagenomiku radzenes audu saglabāšanā. Nosaukums: Nākamās paaudzes sekvencēšana mikroorganismu noteikšanai cilvēka donora radzenes audu saglabāšanas vidē. Mērķis: Ar nākamās paaudzes sekvencēšanas metodi noteikt mikroorganismu klātbūtni cilvēka donora radzenes audu uzglabāšanas vidē. Materiāli un metodes: Kopā tika izmantoti septiņi paraugi no orgānu kultūras (no angļu val. – organ culture (OC)) grupas (Cornea Max, Eurobio, Les Ulis, Francija) ar vienu kontroli (sterila barotne bez radzenes audiem) un septiņi paraugi no hipotermiskās uzglabāšanas grupas (Cornea Cold, Eurobio) ar vienu kontroli. Pirms paraugu savākšanas radzenes audus ievietoja attiecīgajās uzglabāšanas vietās uz 14 dienām. Uzglabāšanas vide (2 ml) no katra parauga tika ievietota mēģenēs, kas nesatur RNS-āzi, un tika nosūtīta 16S un 18S ribosomu RNS sekvencēšanai. Vienlaikus 1 ml barotnes parauga tika izmantots konvencionālajai diagnostikas metodei (no angļu val. – conventional diagnostic method (CDM)), izmantojot Bactec instrumentus. Rezultāti: Gan OC, gan hipotermiskās uzglabāšanas un kontroles paraugos visbiežāk novēroja Pseudomonas, Comamonas, Stenotrophomonas, Alcanivorax, Brevundimonas un Nitrobacter ģintis. Acidovorax, Acetobacter un Hydrogenophilus ģintis tika atklātas galvenokārt hipotermiskās uzglabāšanas grupā. Visbiežāk konstatētais sēņu patogēns piederēja Malassezia ģintij, kas tika atrasts abās uzglabāšanas vidēs. Ar CDM visi paraugi bija negatīvi attiecībā uz mikroorganismiem. Secinājumi: Metagenomika nodrošina pilnīgu taksonomisko profilu noteikto organismu genomiskajam materiālam, tādējādi sniedzot daudz plašāku mikrobioloģiskās diagnostikas pieeju nekā CDM. Metodes izmaksu un apgrozījuma laika dzīvotspējīgu organismu noteikšanai samazināšana palīdzētu šo tehnoloģiju ieviest ikdienas klīniskajā praksē.
Translated title of the contributionDescemet Membrane Endothelial Keratoplasty: NGS Metagenomics-Optimized Tissue Preparation and Surgical Technique. Summary of the Doctoral Thesis
Original languageLatvian
Supervisors/Advisors
  • Krūmiņa, Zita, First/Primary/Lead supervisor
  • Porta, Giovanni , Second/Co-supervisor, External person
Place of PublicationRiga
Publisher
DOIs
Publication statusPublished - 2021

Keywords*

  • Doctoral Thesis
  • 16S
  • 18S
  • NGS
  • bacteria
  • cornea
  • eye bank
  • fungus
  • media
  • microbiology
  • preservation
  • storage

Field of Science*

  • 3.1 Basic medicine
  • 3.2 Clinical medicine

Publication Type*

  • 4. Doctoral Thesis

Fingerprint

Dive into the research topics of 'Descemet Membrane Endothelial Keratoplasty: NGS Metagenomics-Optimized Tissue Preparation and Surgical Technique. Summary of the Doctoral Thesis'. Together they form a unique fingerprint.

Cite this